人間の体は、体内に自分の体の成分と違う物質が入ると、その後はその物質に反応する抗体やリンパ球ができるため、前とは異なった反応を呈するようになります。抗体をつくる原因となる物質を抗原（アレルゲン）といいます。
この抗原の働きによってできる免疫は、人間にとって自分を守る大切な反応です。しかし、時には、自分の体に都合の悪い免疫反応が起こってしまうことがあり、体内で産生される抗体や感作リンパ球が、生体に入った物質（抗原）に対する有害な免疫反応を起こす場合があります。
これをアレルギー反応と呼び、これによって起こる病気をアレルギー疾患といいます。
アレルギーは、薬とか食物、花粉など外から入ってくる物質が原因となって起こるのが普通ですが、自分の体、たとえば心臓とか肝臓、腎臓などの臓器組織や血液の成分などが抗原となって起こるアレルギー、つまり、自分の体の成分に対し都合の悪い免疫ができて、それが原因でいろいろの病変を起こす疾患を自己免疫疾患といいます。
- 花粉症…アレルギー体質の人が、風媒花の花粉を吸入することで発症します。
- 食物アレルギー…食物を摂取したときに現れるアレルギー反応です。
- 薬物アレルギー…治療のために使う薬そのものがアレルゲン（抗原）となります。
- アナフィラキシーショック…アレルギー反応のうち、最も激しい症状を示します。
- 慢性関節リウマチ…全身の関節に起きる炎症を主症状とする膠原病の一種です。
- 全身性エリテマトーデス…全身の皮膚、血管、関節、内蔵がおかされる膠原病です。
- サルコイドーシス…全身の臓器に結核を始めとする感染症に似た病巣を作る疾患です。
- シェーグレン症候群…涙腺や唾液腺などの外分泌腺に慢性の炎症が起こります。
- ベーチェット病…アフタ性口内炎、皮疹、外陰部の潰瘍、目の炎症を主症状とします。
